有機畜産物の生産には「アニマルウェルフェア」の考え方が基本にある。アニマルウェルフェア(Animal Welfare)は、「動物福祉」などと訳され、家畜になるべくストレスを与えずに育て、屠畜の際の苦痛もできるだけ最小限に抑えるという考え方。餓えや乾きが無いように十分に飼料や水を与え、牛舎や豚舎、鶏舎などは行動をするための充分な広さをとる。できるだけ痛みや苦痛、恐怖や悲しみを感じさせないような屠畜するなど適切に扱う。
「有機畜産物の日本農林規格」では、第2条において「有機畜産物は、農業の自然循環機能の維持増進を図るため、環境への負荷をできる限り低減して生産された飼料を給与すること及び動物用医薬品の使用を避けることを基本として、動物の生理学的及び行動学的要求に配慮して飼養した家畜又は家きんから生産することとする。」と定義している。
